Ολυμπιακός και ΠΑΟΚ θα βρίσκονται στο β΄ γκρουπ της κλήρωσης, που σημαίνει ότι θα αντιμετωπίσουν μία από τις νικήτριες των 12 ομίλων ή κάποια από τις τέσσερις καλύτερες «τρίτες» που προέρχονται από το Champions League.
Στην φάση των «32» υπάρχουν περιορισμοί, καθώς δεν γίνεται να τεθούν αντιμέτωπες ομάδες από την ίδια χώρα, ούτε φυσικά όσες προκρίθηκαν από τον ίδιο όμιλο.
Οι ομάδες που προκρίθηκαν:
Α΄ Γκρουπ (Νικητές Ομίλων + 4 καλύτεροι από Champions League)
Φενέρμπαχτσε (Τουρκία)
ΑΠΟΕΛ (Κύπρος)
Σεντ Ετιέν (Γαλλία)
Ρόμα (Ιταλία)
Γκενκ (Βέλγιο) ή Αθλέτικ Μπιλμπάο (Ισπανία)
Αγιαξ (Ολλανδία)
Σαχτάρ Ντόνετσκ (Ουκρανία)
Σάλκε (Γερμανία)
Ζενίτ Αγίας Πετρούπολης (Ρωσία)
Σπάρτα Πράγας (Τσεχία)
Φιορεντίνα (Ιταλία)
Οσμανλισπόρ (Τουρκία)
Κοπεγχάγη (Δανία)
Λιόν (Γαλλία)
Τότεναμ (Αγγλία)
Μπεσίκτας (Τουρκία)
Β΄ Γκρουπ (2οι ομίλων + οι υπόλοιποι 4 από Champions League)
ΟΛΥΜΠΙΑΚΟΣ (ΕΛΛΑΔΑ)
ΠΑΟΚ (ΕΛΛΑΔΑ)
Μάντσεστερ Γ. (Αγγλία)
Αντερλεχτ (Βέλγιο)
Αλκμααρ (Ολλανδία)
Αστρα Τζούρτζιου (Ρουμανία)
Γκενκ (Βέλγιο) ή Αθλέτικ Μπιλμπάο (Ισπανία)
Θέλτα (Ισπανία)
Γάνδη (Βέλγιο)
Κράσνονταρ (Ρωσία)
Βιγιαρεάλ (Ισπανία)
Χαποέλ Μπερ Σεβά (Ισραήλ)
Γκλάντμπαχ (Γερμανία)
Ροστόφ (Ρωσία)
Λέγκια Βαρσοβίας (Πολωνία)
Λουντόγκορετς (Βουλγαρία)